En 1954, le Chanoine Gilbert GARNIER, curé de la paroisse Jeanne-d'Arc fait appel à l'Archevêque de Lyon afin que soit créée une école dans le quartier de Montchat.
Ce dernier sollicite la communauté des Frères de la Sainte Famille de Belley qui envoie le Frère MARC (Emile ARNAUD-GODET) pour mener à bien le grand chantier de sa vie.


Le 8 octobre 1954, l’école Charles de Foucauld (nom donné par l'Abbé GARNIER) ouvre dans la maison d'œuvres de la paroisse Jeanne-d'Arc. Elle accueille 68 élèves répartis en 3 classes (CP/CE1 - CE2 - CM1). Cette date marque officiellement le début de l'Ensemble Scolaire Charles de Foucauld.

En 1956, le Collège Charles de Foucauld ouvre ses portes dans le bâtiment C.

En 1963, le bâtiment A (bâtiment principal) est construit. Le bâtiment B (dit bâtiment rouge), aujourd'hui détruit, est bâti en 1967.


En 1978, M. Pierre DERUAZ prend la Direction du Collège.


En 1990, le Frère Yves PERIER-MUZET succède au Frère Marc à la tête de l'Ensemble Scolaire.


En 1996, M. Bernard-Pierre NANTERME devient Chef d'Etablissement du Collège.


En 2000, Le bâtiment M (en hommage au Frère Marc) est construit.
               

En 2003, M. Stéphane NOËL succède à M. NANTERME, puis au Frère Yves PERIER-MUZET, en 2011, en tant que coordinateur de l'Ensemble Scolaire.

M. Eric PIREYRE a été le Chef d'Etablissement du Collège de septembre 2011 à août 2022.

En septembre 2022, Mme Véronique MONTEIRO est appelée à diriger le Collège.